Hinter dem Unternehmen Twiki.net steht Peter Thoeny, einer der Gründer von Twiki und gleichzeitig der Inhaber der Marke. Thoeny hatte gemeinsam mit Rod Beckström im August 2007 das Unternehmen Twiki.net gegründet mit dem erklärten Ziel, professionellen Support für die Software anzubieten. Peter Thoeny fiel die Rolle des Technischen Geschäftsführers (CTO) zu, Beckström übernahm die kaufmännische Leitung. Im März 2008 verließ Beckström das Unternehmen, sein Nachfolger als CEO wurde Tom Barton. Am 27. Oktober verkündeten Barton und Thoeny eine Neuorganisation von Twiki. Als Begründung nennen sie die in ihren Augen erfolgreiche Entwicklung von Ubuntu im Vergleich zu Debian, der Linux-Distribution, die die Code-Grundlage für Ubuntu lieferte. Sie schreiben: „In den letzten Monaten wurde es offensichtlich, dass es der Community an klarer Führung fehlte und dass sie sich in Richtung einer Leitung nach 'Debian-Art' bewegte. Wir glauben nicht, dass dies langfristig in den Interessen der Community wäre.“

In einem Blog-Eintrag beschreibt Michael Daum aus seiner Sicht den „so genannten" Relaunch: „Gestern, am 27. Oktober 2008, nur eine Minute vor dem regulären Twiki Release-Meeting, hat das Unternehmen Twiki.net einstimmig verkündet, dass es für das Projekt Twiki.org am Besten wäre, wenn es die Leitung übernähme. Damit einher ging eine komplette Abschaltung der Community-Seite. Ab diesem Moment haben alle Langzeit-Mitwirkenden den Zugang zu ihrem Code verloren.“ Die Community-Mitglieder hätten daraufhin das Gebäude verlassen. Damit die Entwickler wieder Zugang zu den Projektseiten erhalten, sollen diese nun per Webformular neu formulierten Bedingungen zustimmen.

Daum vermutet hinter diesem Schritt neue Kapitalgeber, die Thoeny kürzlich als Investoren in das Unternehmen geholt hatte. Statt eine Vertrauensbasis für die Zusammenarbeit zu schaffen, hätte Thoeny in Beiträgen im IRC-Channel darauf hingewiesen, „dass er von einem seiner Investoren, 'Wilson Sonsini Goodrich and Rosati', angehalten sei, die Handelsmarke zu schützen“. Tatsächlich nennen Thoeny und Barton die Regelungen zum Markenrecht als wesentlichen Bestandteil des Relaunch. Auf der Webseite heißt es: „Es gibt eine empfindliche Balance zwischen den Bedürfnissen der Commjunity und dem was nötig ist, um einen starke Marke zu halten.“ Für die künftige Regelung verweisen die Macher wiederum auf Ubuntu: „Ubuntu hat klare Branding-Richtlinen, wohingegen unter Debian eine Marke nicht geschützt werden kann.“ Ein neues Arbeitsgremium mit Namen Twiki Community Council solle die entsprechenden Richtlinien ausarbeiten.

Nach den heftigen Reaktionen der Community zu urteilen, scheinen diplomatische Mittel ausgeschöpft und der Weg zu einer friedlichen Einigung verschlossen. Daum schreibt: „Die Community zu bedrohen, die in den letzten zehn Jahren auf freiwilliger Basis an Twiki gearbeitet hat, ist ein starkes Stück. Zu stark für die Twiki-Community.“ Die verärgerten Entwickler zögerten nicht lang und eröffneten einen eigenen Zweig des Open Source Projekt unter dem Namen NextWiki. Auch Twiki-Gründer Thoeny hatte versucht, sich an der Diskussion auf der Forkliste zu beteiligen, wurde jedoch kurzerhand von der Liste ausgeschlossen.

Der Streit gärte offensichtlich schon länger. Wie Tom Barton in einer ersten Reaktion schreibt, habe er bereits auf dem Entwicklertreffen am 4. September in Berlin von den Abspaltungsabsichten erfahren: „Ich wurde informiert, dass die Community bereit wäre, innerhalb von 24 Stunden einen Fork aufzusetzen wenn wir nicht bereit wären, ein neues Regelungsmodell aufzusetzen, das die (...) Rolle des Twiki-Gründers und seine Rechte an der Marke erheblich verwässert.“

Diese Entwicklung dürfte auch für Sun Microsystems unerfreulich sein. Erst im August hatte das Unternehmen seine Unterstützung für das Projekt verkündet. Die Bemühungen von Sun um Open Source stoßen wegen der hauseigenen Community- und Lizenzpolitik immer wieder auf Mißtrauen. Auf der IT-Messe Systems in München bekräftigte der Deutschland-Geschäftsführer Donatus Schmidt im Gespräch mit Linux-Magazin Online die Open-Source-Absichten des Konzerns.